Mỗi khi mất mùa vì lụt lội hay hạn hán, giá gạo lên cao gây khó khăn về lương thực. Nạn thiếu ăn thường hoành hành tại các tỉnh nghèo nhất mà lại hay gặp thiên tai như Nghệ An. Người dân bị đói tràn khắp vùng thôn quê, tụ họp nhau đi cướp và những người chống triều đình lợi dụng sự bất mãn của những đoàn dân đói này để xách động nổi loạn như ở Thanh Hóa và Nghệ An năm 1819.

Mỗi khi mất mùa, chính phủ phải áp dụng những biện pháp khẩn cấp để cứu đói, thường là chẩn cấp. Để có phương tiện thực hiện cứu trợ khẩn cấp, triều đình thiết lập các kho lương trữ lúa cho việc cứu tế được gọi là Bình Chuẩn Thương, người nghèo túng có thể mua gạo giá rẻ hơn bình thường và không giới hạn, từ 1, 2 phương tới cả thưng, đấu, bát.

Ngoài ra triều Nguyễn còn lập ra Nghĩa Thương là những kho trữ lúa ở các tỉnh và phủ, huyện. Những khi đói kém thì các kho này được mở ra để phát chẩn cho dân nghèo. Triều Nguyễn cũng cho tổ chức Xã Thương rất nhiều dưới thời vua Tự Đức, khi gạo đắt thì bán ra, khi gạo rẻ thì đong lại để lưu trữ, có thể cho vay, thu lợi bao nhiêu dùng để cấp dưỡng binh đinh và giúp kẻ nghèo khó.

Thời Minh Mạng triều đình cũng bắt quan lại các tỉnh phải xuất lúa giống ở kho cho dân nghèo vay để làm mùa sau, nhằm làm cho nông nghiệp không bị đình trệ và việc mất mùa không ảnh hưởng nhiều sang các năm sau[21].

Dù cho các biện pháp cứu tế này làm công quỹ hao hụt không ít nhưng chúng chỉ có thể ngăn cản nạn đói khỏi lan rộng trong một thời gian ngắn, ngăn sự tăng giá của lương thực nhưng chỉ là những liều thuốc cấp thời, không thể ngăn chặn một cách dứt khoát sự thiếu hụt lương thực. Ngoài ra việc quan lại địa phương tham nhũng cũng làm giảm hiệu năng của các biện pháp này. Triều đình phải liên tiếp ban hành các đạo dụ để nghiêm trị.

Để làm nhẹ bớt sự khổ cực của người nông dân, triều Nguyễn cho áp dụng chính sách giảm hay miễn thuế cho những tỉnh bị nạn. Riêng với các tỉnh bị thiệt hại nặng, nhà vua cho miễn luôn tất cả các khoản thuế còn thiếu ở những năm trước. Năm 1841, vua Thiệu Trị cho dân Hưng Yên được miễn số thuế là 23.385 quan và 83.162 hộc lúa[22].